委托代理機構辦理知識產權申報一般包括下列流程：

專利檢索或商標查詢→簽訂代理合同→委托人進行技術交底并填寫相關表格→代理人準備好相關的法律文件交委托人確認→向國家知識產權局或國家商標局遞交申請→案件跟蹤并回復審查意見直到案件完結→根據合同結案或繼續進行案件的后續管理。